Jest to najskuteczniejsza metoda oceny przełyku, żołądka i dwunastnicy, a dodatkowo w razie potrzeby daje możliwość pobrania wycinków na obecność odpowiedzialnej za chorobę wrzodową bakterii Helicobacter pylori lub wycinków z niepokojącej zmiany. Daje to mozliwość właściwego doboru póżniejszego leczenia.
Badanie przeprowadza się w pozycji lezącej na lewym boku i polega na wprowadzeniu do jamy ustnej i gardła fiberoskopu o średnicy ok.9mm przy pełnej współpracy pacjenta, który wykonuje ruch połykowy .Oglądanie wnętrza przewodu pokarmowego trwa kilka minut i jest nieprzyjemne lecz niebolesne. Instrument słuzący do badania jest każdorazowo dezynfekowany.

Jest to badanie, które wykonuje się dla oceny jelita grubego w przypadku podejrzenia w nim zmian chorobowych na podstawie wywiadu lub innych badań dodatkowych. Wykonuje się je po odpowiednim przygotowaniu, polegającym na oczyszczeniu jelita z resztek pokarmowych, najczęściej za pomocą doustnych środków przeczyszczających, wspomaganych przez wlewki doodbytnicze.
Badanie polega na wprowadzeniu przez odbyt giętkiego kolonoskopu. Zabieg może być okresowo bolesny: ewentualny ból należy odróżnić od stale występującego wzdęcia spowodowanego podawaniem powietrza do światła jelita. Stałe utrzymywanie się bólu może być wskazaniem do przerwania zabiegu.